Auch nach dem Ende seiner Karriere blieb Markus Günthardt, der mit seiner Frau und zwei Kindern in Madrid und in der Schweiz lebt, dem Tennis treu. Für Ion Tiriac war er ab 1990 Turnierdirektor verschiedener Tennis-Turniere wie den Eurocard Open in Stuttgart und den ATP Tour World Championships in Hannover. Er arbeitete an der Olympia-Bewerbung von Madrid für die Spiele 2012 mit und war Berater des Tennisverbandes der Türkei bei den WTA Championships, die von 2011 bis 2013 in Istanbul ausgetragen wurden. Gefragt ist seine Erfahrung weltweit auch im Board of Directors, einer Art Aufsichtsrat der WTA.